Le processus de sélection des projets soutenus par la Fondation RTE est défini par sa gouvernance. Il évolue donc en fonction des appréciations et des observations, et les critères de sélection sont ajustés au fur et à mesure de ses réunions et communiqués sur le site internet.

Ce processus est par ailleurs conforme aux recommandations de la Fondation de France auprès de laquelle la Fondation RTE est abritée.

La particularité du tissu associatif dans les territoire ruraux conduit à limiter le recours à des procédures d'appel à projets dans la sélection des projets. Pour laisser le temps aux associations rurales et locales du mûrir leurs projets, et définir leurs propres priorités. La Fondation RTE privilégie de dépôt des dossiers au fil de l'eau au moyen d'un plateforme informatique.

L'équipe de la Fondation RTE vérifié l'éligibilité des projets aux critères affichés par la Fondation sur son site. Si le projet est bien éligible et notamment s'il est réalisé au profit des populations des communes rurales et dispose d'un modèle socio-économique diversifié mêlant subventions publiques et privées et ressources commerciales, alors il est soumis à une instruction réalisée par un bénévole de la Fondation RTE. Il est ensuite présenté devant le comité exécutif de la Fondation RTE, seul décisionnaire à l'occasion d'une des quatre réunions de programmation prévues dans l'année.